Les indications du TOGD sont de plus en plus limitées.
Le diagnostic de reflux gastro-œsophagien est essentiellement clinique. L'opacification barytée n'est justifiée que pour la recherche d'une anomalie associée (hernie hiatale). Les données éventuellement fournies par l'endoscopie, la pHmétrie et l'échographie doivent aider à réduire les explorations irradiantes. Dans ce cadre, le TOGD peut également se justifier lorsque les autres exploration sont prises en défaut ou irréalisables alors qu'il existe une symptomatologie indirecte de reflux : malaise, suspicion de pneumopathie d'inhalation.
La recherche d'un arc vasculaire anormal (stridor, troubles de déglutition, gêne respiratoire..) fait appel à la radiographie du thorax, à l'échographie cardiaque et médiastinale. L'opacification barytée peut aider à rechercher des empreintes anormales.
La pathologie malformative de l'œsophage est le plus souvent de découverte néonatale : dans l'atrésie de l'œsophage, l'opacification diagnostique est exceptionnelle. Elle est par contre utile en post-opératoire, dans un contexte précis. La sténose congénitale peut être découverte à un âge variable en présence d'une dysphagie ; le transit œsophagien peut contribuer au diagnostic, de même que pour la mise en évidence d'une fistule œso-trachéale isolée (toux lors de l'alimentation).
Les corps étrangers œsophagiens nécessitent exceptionnellement la réalisation d'un transit opaque. De même, dans le cadre des ?sophagites caustiques, l'opacification de l'œsophage ne s'envisage éventuellement que secondairement, en milieu spécialisé.
La pathologie inflammatoire de l'estomac et du duodénum relève de l'endoscopie.
Pour le diagnostic de sténose hypertrophique du pylore, l'échographie est suffisante.
La pathologie malformative du duodénum (obstacle incomplet pas sténose intrinsèque ou extrinsèque, voire duplication) peut nécessiter la réalisation d'un transit gastro-duodénal, en fonction des données préliminaires de l'échographie.
Pour le diagnostic de malrotation digestive compliquée ou non de volvulus, le diagnostic peut être difficile en échographie. Il est formellement établi par le transit gastro-duodénal.