L'IRM peut être indiquée pour l'exploration des vaisseaux, de la paroi et des pathologies médiastinales para vertébrales ou kystiques.
Pour les autres indications (parenchyme pulmonaire), le scanner thoracique, malgré son caractère irradiant est très performant. Ses avantages sont une meilleure résolution spatiale et une acquisition plus rapide.
Les masses médiastinales postérieures, para vertébrales bénéficient au mieux de l'IRM, pour rechercher une tumeur « en sablier » et une extension intra-canalaire.
Les masses médiastinales kystiques (lymphangiome kystique), ou vascularisées (hémangiome ou malformation) sont également bien explorées en IRM, de façon alternative à la tomodensitométrie.
Les lésions pariétales constituent également une indication de l'IRM, de façon alternative ou complémentaire à la tomodensitométrie. Cette indication est formelle lorsqu'une pathologie maligne est suspectée, de façon à obtenir un bilan d'extension loco-régional le plus précis possible.
Les anomalies des arcs aortiques sont détaillées dans la fiche IRM cœur et gros vaisseaux.