Les indications du transit du grêle sont actuellement très limitées.
Dans le cadre des suspicions d'occlusion néonatale incomplète, soit congénitale soit après entérocolite ulcéro-nécrosante, le transit opaque peut être discuté en fonction des données échographiques préalables.
Pour le diagnostic de malrotation digestive compliquée ou non de volvulus, le diagnostic peut être difficile en échographie. Il est formellement établi par le transit opaque.
L'échographie est l'examen de première intention dans l'exploration des pathologies de la paroi digestive, dont l'épaississement est l'expression la plus fréquente. Les pathologies intéressant la paroi intestinale en pratique pédiatrique sont d'origine multiples (inflammatoire, infectieuse, vasculaire, traumatique, tumorale) et leur diagnostic est orienté par l'âge de l'enfant et le contexte clinique. Les imageries en coupes (TDM ou IRM) sont des examens de seconde intention, elles s'affranchissent des conditions techniques parfois difficiles de l'échographie. Leur intérêt pédiatrique principal actuel réside dans le bilan des maladies inflammatoires intestinales chroniques et tout particulièrement la maladie de Crohn. Elles ont remplacé en association avec l'échographie, le transit du grêle très irradiant. Du fait de l'irradiation et l'injection d'iode, l'IRM peut être préférée en pratique pédiatrique à la tomodensitométrie.
Dans les suspicions de tumeurs digestives, le scanner avec injection de produit de contraste doit être préféré de première intention.
En cas de suspicion de diverticule de Meckel, le transit du grêle n'est pas utile car il est irradiant et peu performant. Si l'échographie (et le cas échéant la scintigraphie au technétium) n'est pas contributive au diagnostic, la laparoscopie doit être privilégiée quand les signes cliniques sont évocateurs.