La neutropénie se définit comme un nombre de polynucléaires neutrophiles inférieur à 1500/mm³ dans le sang circulant pour l'enfant de 12 mois ou plus. Chez le nouveau-né les taux physiologiques de polynucléaires dépendent du terme ; on peut considérer la neutropénie en dessous de 3000/mm³. Entre 2 et 12 mois on parle de neutropénie en dessous de 1000/mm³.
Le risque infectieux lié à la neutropénie (infections bactériennes et mycosiques) est faible au dessus de 1000/mm³, modéré entre 500 et 1000/mm³, et élevé en dessous de 500/mm³.
Le risque d'infection mycosique grave est élevé si la neutropénie dure plus de 3 semaines. Les polynucléaires jouant un rôle important au niveau de la régulation de la flore buccale, la neutropénie s'accompagne souvent d'une gingivite.
La persistance du cordon ombilical au-delà de 3 semaines doit également faire suspecter une anomalie des polynucléaires neutrophiles.